本人主编的《生物信息学分析实践》一书于2010年6月由科学出版社出版，淘宝网有购，直接搜索书名即可，定价30元，网购21元，欢迎参考使用。

　　作    者：吴祖建 高芳銮 沈建国
　　出 版 社：科学出版社
　　出版时间：2010-6
　　页    数：222
　　I S B N ： 9787030278319

生物信息学简介、三大数据库检索、引物设计及测序结果分析、核苷酸序列分析、氨基酸序列分析、蛋白质空间结构预测、系统发育分析、RNA分析。这本书的一大特色在于丰富的实例和图表，使读者可以很直观的了解和掌握书中的内容。
　　本书取材新颖，实践性强，是一本实用的生物信息学分析手册与操作指南，适用于生命科学、农学、医学等相关专业学生使用，也可用于从事生物学相关的科研人员、教师参考使用。

　　写法特点：原理、方法、操作相结合，从基础理论出发，循序渐进，以渐进式实例引导学习，适时阐述文中要眯，让读者在实例中到巩固理论基础；
　　实例特点：实例取材自科研第一线背景强的素材，实践性强，覆盖面广，让读者在实例分析的过程中，不仅仅学会工具软件的操作使用，更能学会思考与解决问题；
　　操作演示：渐进式的实例演示，图文并茂，简单易学，花几分钟即可学会一个实例。对于生物信息学初学者或从事生命科学领域的科研工作者具有一定的指导意义。

序
前言
第一章  生物信息学简介
  1.1  生物信息学基础
    1.1.1  什么是生物信息学
    1.1.2  生物信息学的形成与发展
    1.1.3  生物信息学的研究内容
    1.2  生物信息学应用
    1.2.1  生物信息学的热点领域
    1.2.2  信息技术与生物信息学
第二章  数据库检索
  2.1  综合性数据库NCBI
      2.1.1  NCBI简介
    2.1.2  NCBI数据库介绍
    2.1.3  Entrez简介
    2.1.4  Entrez检索实例
  2.2  综合性数据库EMBL-EBI
      2.2.1  EBI简介
    2.2.2  EBI数据库简介
    2.2.3  SRS简介
    2.2.4  SRS检索实例
    2.2.5  BioMart简介
    2.2.6  BioMart检索实例
  2.3  UCSC基因组浏览器
    2.3.1  UCSC基因组浏览器简介
    2.3.2  UCSC基因组浏览器检索实例
第三章  引物设计及测序结果分析
  3.1  引物设计
    3.1.1  概述
    3.1.2  常规PCR引物设计实例分析
    3.1.3  简并引物设计
  3.2  测序结果分析
  3.3  序列拼接实例分析
第四章  核酸序列分析
  4.1  常规分析
    4.1.1  核酸序列的检索
    4.1.2  核酸序列组分分析
    4.1.3  序列变换
    4.1.4  限制性酶切分析
  4.2  比对分析
    4.2.1  BLAST比对
    4.2.2  双序列比对
    4.2.3  多序列比对
  4.3  基因结构识别
    4.3.1  orF识别及其可靠性验证
    4.3.2  启动子及转录因子结合位点分析
    4.3.3  重复序列分析
    4.3.4  CpG island
    4.3.5  3'UTR区
第五章  蛋白质序列分析
  5.1  蛋白质序列的基本性质分析
    5.1.1  理化性质分析
    5.1.2  疏水性分析
    5.1.3  跨膜区分析
    5.1.4  信号肽预测
    5.1.5  Coil区分析
    5.1.6  亚细胞定位“
  5.2  结构域分析及motif搜索
    5.2.1  结构域分析
    5.2.2  motif搜索
  5.3  空间结构预测
    5.3.1  蛋白质二级结构预测
    5.3.2  蛋白质三级结构预测
    5.3.3  蛋白质结构预测方法评价
  5.4  抗原表位预测分析
    5.4.1  B淋巴细胞抗原表位预测分析
    5.4.2  T淋巴细胞抗原表位预测分析
第六章  分子进化与系统发育分析
  6.1  进化的分子基础
    6.1.1  进化树与分子系统学
    6.1.2  相似性与同源性
    6.1.3  分子进化
  6.2  系统发育分析
    6.2.1  DNA和氨基酸序列的进化演变
    6.2.2  系统发育树的种类
    6.2.3  用于系统发育分析的分子标记选择
    6.2.4  常用的构树方法及其甄选
    6.2.5  系统发育分析常用软件
  6.3  系统发育分析的检验
    6.3.1  系统发育分析方法可靠性的评价
    6.3.2  系统树的误差分析及消除方法
  6.4  系统树的评估
  6.5  系统发育分析实例
    6.5.1  使用MEGA软件重建NJ树
    6.5.2  使用PAUP软件重建NJ树
    6.5.3  使用MEGA软件重建MP树
    6.5.4  使用PAUP软件重建MP树
    6.5.5  使用PAUP软件重建ML树
    6.5.6  贝叶斯树
第七章  RNA分析
  7.1  RNA简介
    7.1.1  RNA的结构
    7.1.2  RNA的功能
    7.1.3  RNA研究进展与展望
  7.2  RNA二级结构
    7.2.1  RNA的二级结构概述
    7.2.2  RNA二级结构的预测方法
    7.2.3  RNA结构预测实例分析
  7.3  高效siRNA的设计
    7.3.1  RNAi的作用机制
    7.3.2  siRNA的设计原则
    7.3.3  影响RNAi的其他因素
    7.3.4  siRNA的设计步骤
    7.3.5  siRNA的合成
    7.3.6  siRNA干涉效果的评判
    7.3.7  siRNA相关数据库介绍
    7.3.8  siRNA设计实例分析
  7.4  microRNA分析
    7.4.1  microRNA作用机制概述
    7.4.2  miRNA功能与研究方法
    7.4.3  miRNA生物信息学分析
    7.4.4  miRNA及其靶基因预测的实例分析

主要参考文献及网址
附录
  附录1  常用生物学数据库
  附录2  各种主要的RNA二级结构预测软件比较
  附录3  名词解释
彩图

第1章 生物信息学简介(林文超)
1．1　生物信息学基础
　　1．1．1　生物信息学定义
　　1．1．2　生物信息学的形成与发展
　　1．1．3　生物信息学的研究内容
1．2 生物信息学应用
　　1．2．1生物信息学的热点领域
　　1．2．2  信息技术与生物信息学

第2章　数据库搜索(乔楠)
2.1 综合性数据库NCBI
　　2.1.1. NCBI简介
　　2.1.2. NCBI数据库介绍
　　2.1.3. Entrez简介
　　2.1.4. Entrez检索实例
2.2 综合性数据库EMBL-EBI
　　2.2.1. EBI简介
　　2.2.2. EBI数据库简介
　　2.2.3. SRS简介
　　2.2.4. SRS检索实例
　　2.2.5. BioMart简介
　　2.2.6. BioMart检索实例
2.3 基因组信息数据库UCSC
　　2.3.1. UCSC简介
　　2.3.2. UCSC数据库简介
　　2.3.3. UCSC检索实例
2.4 基因组信息数据库Ensembl
　　2.4.1. Ensembl简介
　　2.4.2. Ensembl数据库简介
　　2.4.3. Ensembl检索实例

第3章 引物设计及测序结果分析(鹿连明、冯佩富、庄军)
3.1 引物设计
　　3.1.1概述
　　3.1.2常规PCR引物设计实例分析
3.2测序结果分析Chromas
　　　3.3.1实例一
　　　3.3.2实例二
3.3序列拼接实例演示
　　3.2.1.使用DNAMAN进行序列拼接
　　3.2.2.VectorNTI中的ContigExpress进行序列拼接
　　3.2.3.Lasergene中的Seqman程序进行序列拼接

第4章　核苷酸序列分析(待完善)
4.1常规分析
　　4.1.1序列组分
　　4.1.2序列转换
　　4.1.3限制性酶切分析
4.2比对分析
　　4.2.1BLAST比对
　　4.2.2双序列比对
　　4.2.3多序列比对（Multiple Alignment）
4.3基因结构识别
　　4.3.1 orF识别（及其可靠性验证）
　　4.3.2 启动子及转录因子结合位点
　　4.3.3 重复序列分析
　　4.3.4 CpG island
　　4.3.5 UTR区　

第5章　蛋白质序列分析(高芳銮、万祥辉)
5.1蛋白质基本性质分析
　　5.1.1 理化性质分析
　　5.1.2 疏水性分析
　　5.1.3跨膜区分析
　　5.1.4信号肽预测
　　5.1.5 Coil区分析
　　5.1.6亚细胞定位
5.2功能域分析结构域分析及Motif搜索
　　5.2.1结构功能域分析
　　5.2.2 Motif搜索
5.3空间结构预测
　　5.3.1 蛋白质二级结构预测
　　5.3.2 三级结构预测
　　5.3.2.1同源模建
　　5.3.2.2折叠识别
　　5.3.2.3从头预测
　　5.3.3蛋白质结构预测方法评价
5.4抗原表位预测分析
　　5.4.1  B淋巴细胞抗原表位预测分析
　　5.4.2  T淋巴细胞抗原表位预测分析

第6章　系统发育分析(盖永华、李鹏)
6.1 进化的分子基础
　　6.1.1 进化树与分子系统学
　　6.1.2 相似性与同源性
　　6.1.3 分子进化
6.2　系统发育分析
　　6.2.1 DNA序列的进化演变
　　6.2.2 系统发育树的种类
　　6.2.3 用于系统发育分析的分子标记选择
6.2.4 常用的构树方法及其甄选
6.2.5常用系统发育分析软件
6.3 系统发育分析的检验
　　6.3.1 系统发育分析方法可靠性的评价
　　6.3.2 系统树的误差分析及消除方法
6.4 系统发育的评估
6.5系统发育分析实例
　　6.5.1使用MEGA软件重建NJ树
　　6.5.2PAUP软件重建NJ树
　　6.5.3 MEGA软件重建MP树
　　6.5.4 PAUP软件重建MP树
　　6.5.5 PAUP软件重建ML树
　　6.5.6 贝叶斯树（MrBayes）

第7章　RNA分析(刘林川、郭玲)
7.1 RNA简介
　　7.1.1 RNA的结构
　　7.1.2 RNA的功能
　　7.1.2 RNA研究进展与展望
7.2 RNA二级结构
　　7.2.1 RNA的二级结构概述
　　7.2.2 RNA二级结构的预测方法
　　7.2.3 RNA结构预测实例分析
7.3 siRNA设计
　　7.3.1 siRNA作用机制概述
　　7.3.2 siRNA设计程序原理    
　　7.3.3特异性siRNA的设计原则
　　7.3.4 siRNA相关数据库介绍
　　7.3.5 siRNA设计实例分析
7.4 MicroRNA分析
　　7.4.1 MicroRNA作用机制概述
　　7.4.2 MicroRNA功能与研究方法
　　7.4.3 MicroRNA生物信息学分析
　　7.4.4 MicroRNA靶基因的预测
　　7.4.5 MicroRNA分析相关网络资源
　　7.4.6 MicroRNA分析实例